系統設計是新系統的物理設計階段。根據系統分析階段所確定的新系統的邏輯模型、功能要求，在用戶提供的環境條件下，設計出一個能在計算機網絡環境上實施的方案，即建立新系統的物理模型。
這個階段的任務是設計軟件系統的模塊層次結構，設計數據庫的結構以及設計模塊的控制流程，其目的是明確軟件系統"如何做"。這個階段又分兩個步驟：概要設計和詳細設計。概要設計解決軟件系統的模塊劃分和模塊的層次機構以及數據庫設計；詳細設計解決每個模塊的控制流程，內部算法和數據結構的設計。這個階段結束，要交付概要設計說明書和設計說明，也可以合併在一起，稱為設計說明書。
在系統分析的基礎上，設計出能滿足預定目標的系統的過程。系統設計內容主要包括：確定設計方針和方法,將系統分解為若干子系統,確定各子系統的目標、功能及其相互關係，決定對子系統的管理體制和控制方式，對各子系統進行技術設計和評價，對全系統進行技術設計和評價等。圖中表示系統設計的各個步驟。
系統設計通常應用兩種方法：一種是歸納法，另一種是演繹法。應用歸納法進行系統設計的程序是：首先盡可能地收集現有的和過去的同類系統的系統設計資料；在對這些系統的設計、製造和運行狀況進行分析研究的基礎上,根據所設計的系統的功能要求進行多次選擇,然後對少數幾個同類系統作出相應修正，最後得出一個理想的系統。演繹法是一種公理化方法，即先從普遍的規則和原理出發，根據設計人員的知識和經驗，從具有一定功能的元素集合中選擇能符合系統功能要求的多種元素，然後將這些元素按照一定形式進行組合（見系統結構），從而創造出具有所需功能的新系統。在系統設計的實踐中，這兩種方法往往是並用的。
系統設計原則
階段開發原則
系統框架和數據結構全面設計，具體功能實現分階段進行。網站的建設過程可以採取以下三期：第一期工程搭建網站的基本構架，實現電子商務網的大部分功能，初步實現網上交易；第二期工程實現網上競價系統的全部功能；第三期工程實現網站在線的B
to B 交易。
易用性原則
方便上網客戶瀏覽和操作，最大限度地減輕後台管理人員的負擔，做到部分業務的自動化處理。
業務完整性原則
對於業務進行中的特殊情況能夠做出及時、正確的響應，保證業務數據的完整性。
業務規範化原則
在系統設計的同時，也為將來的業務流程制定了較為完善的規範，具有較強的實際操作性。
可擴展性原則
系統設計要考慮到業務未來發展的需要，要盡可能設計得簡明，各個功能模塊間的耦合度小，便於系統的擴展。如果存在舊有的數據庫系統，則需要充分考慮兼容性。
系統設計的方法
系統設計的方法主要包括結構化生命週期法（又稱瀑布法）、原型化方法（迭代法）、面向對像方法。按時間過程來分，開發方法分為生命週期法和原型法，實際上還有許多處於中間狀態的方法。原型法又按照對原型結果的處理方式分為試驗原型法和演進原型法。試驗原型法只把原型當成試驗工具，試了以後就拋掉，根據試驗的結論做出新的系統。演進原型法則把試好的結果保留，成為最終系統的一部分。按照系統的分析要素，可以把開發方法分為三類：
1、面向處理方法（Processing Oriented ，簡稱PO） 2、向數據方法（Data Oriented ，簡稱DO）
3、向對象的方法（Object Oriented ，簡稱OO）
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