計算物理學具體的方法有:蒙特卡羅方法(不確定性方法)、分子動力學方法(確定性)有限差分法,有限元素法,計算機代數(mathmatic,matlab),神經元網絡方法,元胞自動機方法,高性能並行計算。
一個多粒子體系的實驗可以觀測的物理量(狀態量)的數值可以由其涉及的態的量值的總的統計平均求得。實際上按照產生位形變化的方法,有兩類方法對有限的系列態的物理量做統計平均。
隨機模擬方法
隨機模擬方法中體系位形的轉變是通過馬爾可夫(Markov)過程由隨機性的演化引起的。馬爾可夫過程相當於是內稟動力學在概率方面的對應。該方法可以用到沒有任何內稟動力學模型體系的模擬中。該法計算程序簡單,占內存少,但難於處理非平衡態的問題。
確定性模擬方法
確定性模擬方法即統計物理中的MD方法。這個方法廣泛用於研究經典的多粒子體系。其按體系內部的內稟動力學規律來計算並確定其位形的轉變。首先需要建立一組分子的運動方程,通過直接對系統中的一個個分子運動方程的數值求解,得到各個時刻的分子的坐標和動量,即相空間中的軌跡,利用統計力學計算方法得到多體系統的靜態或者動態性質,從而得到系統的宏觀性質。該方法特徵是一個體系,一段時間,其方程組的建立要通過對物理體系的微觀數學描述給出,微觀體系中每隔分子各自服從經典的牛頓力學,而每個分子運動的內稟動力學是利用理論力學上的哈密頓量或者拉格朗日量來描述,或者用牛頓運動方程表示。方法中不存在隨機因素。該法是實現玻爾茲曼(boltzmann)的統計力學,可以處理與時間有關的過程,因而可以處理非平衡態問題。缺點是程序複雜,計算量大,占內存多。
原則上MD方法適用的微觀物理體系並無限制,這個方法適用於少體和多體系統,也可以是點粒子系統或者具有內部結構的系統,也可以是分子系統或者其他粒子系統。
但是上述兩種模擬方法都面臨基本限制:其一有限的觀測時間,其二是有限系統大小。人們通常感興趣於體繫在熱力學極限(粒子數趨於無窮多時)的性質,因此計算機模擬有限體系可能會出現有限尺寸效應,為減小該效應,人們引入週期性,全發射,漫反射等邊界條件。當然同時邊界條件的引入也會引起體系某些性質的變化。
其它
另外,體系的運動方程組採用計算機進行數值求解時,要將方程離散化為有限差分法。常用的方法有歐拉法,龍格-庫塔法,辛普生法等。數值計算的誤差階數顯然也取決於所採用的數值求解方法的近似階數,原則上計算機計算速度足夠大,內存足夠多,可以使得誤差降低。
MD方法中,最自然的應用是微正則系綜,這時能量是守恆的。當我們要研究溫度和壓力是常量的系統時,系統不能是封閉的。MD方法中常常是在想像中將系統放入熱浴和壓浴中,實際上在計算中往往是對某些自由度進行限制和約束來實現的。例如恆溫時是保證其體系的平均動能不變,為此設計新的算法,由於新的約束出現,我們並不是處理一個真正的正則系綜,實際上是僅僅複製了系綜的位形部分。理論上講,只要這個約束沒有破壞一個狀態到另一個狀態的馬爾可夫特性,這樣做就是可行的,當然其動力學性質可能會受到這一約束的影響。
自20世紀50年代以來,MD方法得到廣泛應用,取得一定成功。例如對於氣體或液體的狀態方程,相變問題,吸附問題,擴散問題,以及非平衡過程的問題研究,應用範圍從化學反應、生物學的蛋白質,重離子的碰撞,材料設計,納米科技等廣泛的學科和研究領域。