結構化學首先是一門直接應用多種近代實驗手段測定分子靜態、動態結構和靜態、動態性能的實驗科學。它要從各種已知的化學物質的分子構型和運動特徵中歸納出物質結構的規律性,還要從理論上說明為什麼原子會結合成為分子,為什麼原子按一定的量的關係結合成為數目眾多的形形色色的分子,以及在分子中原子相互結合的各種作用力方式和分子中原子相對位置的立體化學特徵。結構化學還說明某種元素的原子或某種基團在不同的微觀化學環境中的價態、電子組態、配位特點等結構特征。
另一方面,從結構化學的角度還能闡明物質的各種宏觀化學性能(包括化學反應性能)和各種宏觀非化學性能(包括各種物理性質和許多新技術應用中的技術性能等)與微觀結構之間的關係及其規律性。在這個基礎上就有可能不斷地運用已知的規律性,設法合成出具有更新穎、結構特點更不尋常的新物質,在化學鍵理論和實驗化學相結合的過程中創立新的結構化學理論。與此同時,還要不斷地努力建立新的闡明物質微觀結構的物理的和化學的實驗方法。
與其他的化學分支一樣,結構化學一般從宏觀到微觀、從靜態到動態、從定性到定量按各種不同層次來認識客觀的化學物質。演繹和歸納仍是結構化學研究的基本思維方法。早期的有關物質化學結構的知識可以說是來自對於物質的元素組成和化學性質的研究。當時人們對化學物質(包括各種單質和為數不多的幾種化合物),只能從對物質組成的規律性認識,諸如定比定律、倍比定律等加以概括。隨著化學反應當量的測定,人們提出了「化合價」的概念並用以說明物質組成的規律。那時,對於原子化合成分子的成因以及原子在分子中的排布方式可以說是一無所知。
結構化學的產生與有機物分子組成的研究密切相關。有機化學發展的初期,人們總結出許多系列有機物分子中碳原子呈四面體化合價的規律。為解釋有機物組成的多樣性,人們提出了碳鏈結構及碳鏈的鍵飽和性理論。隨後的有機物同分異構現象、有機官能團結構和旋光異構現象等研究,也為早期的結構化學研究提供有力的實驗證據,促使化學家從立體構型的角度去理解物質的化學組成和化學性質,並從中總結出一些有關物質化學結構的規律性,為近代的結構化學的產生打下了基礎。
近代實驗物理方法的發展和應用,為結構化學提供了各種測定物質微觀結構的實驗方法;量子力學理論的建立和應用又為描述分子中電子和原子核運動狀態提供了理論基礎。有關原子結構特別是原子中電子殼層的結構以及內力、外力引起運動變化的理論,確立了原子間相互作用力的本質,也就從理論上闡明了化學鍵的本質,使人們對已提出的離子鍵、共價鍵和配位鍵加深了理解。有關雜化軌道的概念也為眾多化合物的空間構型作出了合理的闡明甚至預測。原子中電子軌道空間取向的特徵也為共軛體系(如苯環、丁二烯等)的結構以及它們的特殊化學性質作出了解釋。